يهدف علاج متلازمة القولون العصبي إلى تخفيف أعراض القولون العصبي حيث قد يوصي الأطباء ببعض التغييرات الغذائية وتغييرات نمط الحياة الأخرى مثل ممارسة المشي علي تحسين الأعراض و أيضا بعض الأدوية و البروبيوتيك. تتضمن بعض الأدوية التي قد تساعد في علاج أعراض القولون العصبي ما يلي: 

1. الأدوية المضادة للتشنج: حيث تساعد في تقليل أعراض آلام البطن والتقلصات عن طريق إرخاء عضلات الأمعاء. 

2. مضادات الاكتئاب بجرعات منخفضة، مثل مضادات الاكتئاب ثلاثية الحلقات التي تساعد في تخفيف آلام البطن والتقلصات.

3. المضادات الحيوية، هي علاج لمتلازمة القولون العصبي مع الإسهال والانتفاخ المرتبط بالقولون العصبي.

4. الملينات التي تتشكل للكتل أو لوبيبروستون لأنها تساعد في تخفيف الإمساك مع القولون العصبي. 

5. البروبيوتيك، والتي غالبا ما يقترحها الأطباء للمساعدة في مشاكل الجهاز الهضمي.